Une maladie est reconnue comme professionnelle quand elle est la conséquence directe du travail de l’agent ou des conditions dans lesquelles il a exercé son activité. En arrêt de travail, il continue à toucher son salaire et bénéficie de la prise en charge de ses frais médicaux.

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Comme dans le secteur privé, la maladie professionnelle, dans la fonction publique, peut être reconnue par référence aux tableaux des affections professionnelles du Code de la Sécurité sociale. Mais ceux-ci n’étant pas limitatifs, la collectivité a la possibilité de reconnaître un caractère professionnel à une affection non répertoriée dans ces tableaux : il s’agit alors d’une « maladie contractée en service ».

Dans les deux cas, la maladie doit être la conséquence directe de l’exposition de l’agent à un risque physique, chimique, biologique ou résulter des conditions dans lesquelles il exerce son activité professionnelle. En résumé, elle doit avoir un lien de cause à effet avec le service. Sont également concernées les maladies contractées en accomplissant un acte de dévouement dans un intérêt public, ou en exposant ses jours pour sauver la vie d’une ou de plusieurs personnes.

Maladie liée à l’activité professionnelle

Si la maladie figure sur les tableaux des maladies professionnelles et que l’agent prouve qu'il était en contact avec l’un des agents pathogènes ou effectuait les travaux concernés, il existe une présomption d’imputabilité au service. Pour les affections ne figurant pas dans ces tableaux, l'agent doit établir le lien de causalité entre l'affection dont il souffre et les activités exercées.

Charge ensuite à l’autorité territoriale de reconnaître ou non l’imputabilité au service, sur la base du certificat médical et des pièces justificatives fournis par l’agent. En cas de doute, l’employeur demande l’avis de la commission de réforme. En cas de non reconnaissance de l’imputabilité au service par la collectivité, l’arrêt de travail est pris en charge au titre du congé de maladie ordinaire.

Remboursements et maintien de salaire

En cas de maladie contractée durant l'exercice de ses fonctions, l'agent bénéficie d'un régime particulier de congé et du remboursement des frais et honoraires médicaux directement entraînés par l’affection.

Ces dépenses sont prises en charge de la même manière que celles occasionnées lors d’un accident de service. L’agent continue de percevoir, jusqu'au terme de son congé ou sa mise à la retraite, l'intégralité de son traitement indiciaire, ses primes et indemnités. Le temps passé en congé pour maladie professionnelle est pris en compte pour l'avancement à l'ancienneté et le droit à la retraite. A l'issue de son congé maladie, l’agent réintègre son emploi et peut bénéficier d'une reprise d'activité dans le cadre d'un temps partiel thérapeutique.

Prise en charge financière

C’est à la collectivité d’assurer la charge financière des prestations (indemnités journalières, frais médicaux, pharmaceutiques, d’hospitalisation, de réadaptation…), soit directement, soit par l’intermédiaire d’une assurance. Dans le cadre des maladies inscrites aux tableaux indicatifs de la Sécurité sociale, cette prise en charge revient à l'organisme auquel la personne est affiliée à la date de la première constatation médicale de la maladie (art D 461-24 du Code de la Sécurité sociale).  

La maladie professionnelle exonère les patients du forfait journalier hospitalier, normalement dû pour tout séjour hospitalier d’une durée supérieure à 24 heures dans un établissement de santé. A noter que seules les maladies figurant sur les tableaux des maladies professionnelles du Code de la Sécurité sociale ouvrent droit à l’allocation temporaire d’invalidité (ATI).